כמו דגים, בשר, ביצים, חלב ומזונות מן החי אחרים, פולי סויה מכילים דפוס טוב יותר של חלבון וחומצות אמינו, אשר יותר בקנה אחד עם הצרכים של גוף האדם ויש לו ערך תזונתי גבוה יותר.
למרותחלבון סויההוא חלבון טוב יותר, אבל יש טוב יותר.חלבון סויהיש פחות חומצת אמינו חיונית הנקראת מתונין, לא רק פחות מחלבון מן החי, אלא גם פחות מכמה חלבוני דגנים. אם פולי סויה משמשים כמזון לבעלי חיים, יש צורך להוסיף קצת מתונין כדי לענות על הצרכים של בעלי חיים. בנוסף, ליסטין בחלבון סויהאינו יציב, אשר הולך לאיבוד בעיבוד של מוצרי סויה, וכתוצאה מכך תוכן לא מספיק. לכןחלבון סויהבעל ערך תזונתי נמוך יותר מחלבון חלב פרה (חלבון מי גבינה), חלבון ביצים או חלבון בשר.
למעשה, היתרון של פולי סויה הוא לא זהחלבון סויההוא טוב יותר מאשר חלבון מן החי, אולם סויה ומוצריו אינם מכילים כולסטרול, תוכן השומן נמוך, ובעיקר להיות חומצת שומן בלתי רוויה, זה נדיר ובעל ערך למחלות לב וכלי דם כגון השמנת יתר למניעה וריפוי יתר לחץ דם, שומן דם לא תקין, מחלת לב כלילית. לשם כך, בשנת 1999, ה-FDA התיר ליצרני סויה לטעון כי "חלבון סויהעשוי להפחית את הסיכון למחלות לב" וש"אכילת 25 גרם שלחלבון סויהליום כחלק מת דיאטה דלת שומן רווי וכולסטרול עשוי להפחית את הסיכון למחלות לב."
בנוסף, פולי סויה הוא אחד המאכלים הצמחיים עם תוכן חלבון גבוה ואיכות טובה, והוא עשיר בליסין, אשר יכול לשפר את הערך התזונתי הכללי באמצעות השפעות משלימות כאשר אכלו יחד עם דגנים.
